この組み合わせが単なる低カロリー食にとどまらない最大の強みは、発酵学の観点から見ても類稀な微生物の共生関係にあります。腸活乳酸菌納豆菌相乗効果は、別個に摂取するよりもはるかに高いバイオアベイラビリティ（生物学的利用能）を発揮します。
キムチに豊富に含まれる生きた植物性乳酸菌（主にペディオコッカス属やリューコノストック属）は、胃酸に強く腸まで届きやすい特性を持っています。しかし、腸内に定着するためには過酷な環境を生き抜かなければなりません。ここで重要な役割を果たすのが納豆菌（Bacillus subtilis var. natto）です。芽胞という強固な外殻に守られた納豆菌は、胃酸や胆汁酸をものともせず生きたまま大腸まで到達します。そして大腸内で自らを犠牲にしながら乳酸菌の増殖に欠かせないビタミンB群やオリゴ糖を生成し、乳酸菌の生存率と増殖スピードを劇的に引き上げるブースターとして機能します。
増殖した善玉菌群は大腸内で発酵を行い、酪酸、酢酸、プロピオン酸といった「短鎖脂肪酸」を大量に産生します。近年の消化器生化学の研究において、短鎖脂肪酸は腸粘膜のバリア機能を高めるだけでなく、交感神経系を刺激してエネルギー消費を促進し、食欲を抑制する消化管ホルモン「GLP-1」の分泌を促すことが明らかになっています。さらに、大豆由来の水溶性・不溶性食物繊維とキムチの不溶性食物繊維が腸壁を適度に刺激することで蠕動運動が活発化し、長年の悩みであった納豆豆腐キムチ便秘解消効果が驚くほど速やかに発現します。
納豆豆腐キムチ食べるタイミングについて時間栄養学の見地から検証すると、夕食時の摂取がベストです。腸の動きが最も活発化する「腸のゴールデンタイム」は就寝中の副交感神経優位時に訪れるため、夜に良質な菌とエサを送り込んでおくことで、翌朝のスムーズな自然排便が促されます。また、納豆特有の酵素であるナットウキナーゼは食後数時間を経て血栓溶解作用のピークを迎えるため、心筋梗塞や脳梗塞のリスクが高まる未明から早朝の時間帯に備える健康管理の観点からも、夜の摂取が理にかなっています。
