十三機関のネーミングには、緻密な言葉遊びとオカルト的な象徴が組み込まれています。メンバー全員の名前は、「人間時代の本名のアナグラム」に異端の印であるアルファベットの「X」を加えたもので構成されています。
- SORA（ソラ） ＋ X ＝ ROXAS（ロクサス）
- LEA（リア） ＋ X ＝ AXEL（アクセル）
- ANSEM（アンセム） ＋ X ＝ XEMNAS（ゼムナス）
- BRAIG（ブライグ） ＋ X ＝ XIGBAR（シグバール）
この「X（レクトン）」は、キーブレード戦争やχブレードを象徴する呪われた文字であり、ゼアノートが構成員を監視・支配するための刻印でもありました。
また、組織のモチーフにはタロットカードの大アルカナやカバラ思想、西洋の不吉な数字「13」が色濃く反映されています。さらに『キングダム ハーツ ユニオン クロス』や『Missing-Link』の設定が明かされるにつれ、マールーシャ（ラーリアム）やラクシーヌ（エルレナ）、ルクソードらが数千年前の古代キーブレード使いの生き残りであることが判明し、その元ネタの奥行きはシリーズ最新作『キングダム ハーツIV』へと続く巨大な伏線となっています。
