旭丘高校のもう一つの大きな柱が「全日制普通科・単位制」のシステムです。一般の学年制高校とは異なり、生徒一人ひとりが自身の進路や興味関心に合わせて時間割を柔軟に編成できる仕組みが整えられています。
教育関係者が挙げる市立札幌旭丘高校の単位制のメリットは、志望校の受験科目に合わせた効率的な履修が可能な点です。文系・理系の枠にとらわれず、例えば「難関国立理系に必要なハイレベル数学・理科」に特化したり、「文系学部志望でありながらデータ分析の教養を深める」といった自由度の高い選択ができます。高年次になると多様な選択科目が開講され、早い段階から大学受験を見据えた実践的な授業に集中できます。
反面、市立札幌旭丘高校の単位制のデメリットとして見逃せないのが、「自己責任の重さ」です。学年制のように全員が同じレールの上を一律で走るわけではないため、科目選択を誤ると「志望校の受験に必要な要件を満たせない」「自分の学力に見合わない過重な時間割を組んでしまう」というトラップに陥ります。学校側のガイダンスはあるものの、最終決定は本人の主体性に委ねられます。
教育社会学的な観点から見ても、高校生という自己確立の途上にある年代において、これほどの選択の自由を与える制度は、生徒の自己調整学習能力（セルフ・レギュレーション）の差を顕著に浮き彫りにさせます。自発的に計画を立てて机に向かえる生徒には最高の追い風となる一方、他律的な管理を必要とする生徒にとっては自由が重荷になる二面性を持っています。
