日大二高が一般的な大学付属校と一線を画している最大の要因は、圧倒的な他大学合格実績にあります。日大付属校でありながら、日本大学第二高等学校の進学実績は外部受験特化型の進学校と遜色ありません。毎年の卒業生約350〜380名のうち、他大学へ進学する割合は約65〜70％に達しており、日本大学への進学者は約25〜30％にとどまります。
近年の日本大学第二高等学校の難関大学合格者数の動向を見ると、東大・京大・一橋大・東工大（現・東京科学大）をはじめとする国公立大学に毎年30〜40名規模の合格者を輩出。さらに早稲田大学・慶應義塾大学・上智大学・東京理科大学の難関私大グループには計100〜150名規模、明治・青山学院・立教・中央・法政のGMARCHグループには延べ300名を超える合格実績をコンスタントに叩き出しています。
この日大二高の他大学進学合格実績の底堅さは、中高一貫で積み上げられるカリキュラムと高校からの高入生（高校募集）による適度な刺激が融合した学習環境に起因します。高校2年次から文系・理系・特進クラス等のコース分けが行われ、他大学受験を見据えたハイレベルな講習や添削指導が日常的に展開されています。また、早慶や上理、GMARCHをはじめとする日大二高の指定校推薦枠一覧も豊富に保持されており、一般入試のみならず推薦入試ルートでも難関校への進路が開かれています。
