近年の社寺巡りブームにおいて、普門寺の御朱印は意匠の美しさと独自性で全国的な知名度を誇ります。特に注目を集めているのが、住職や専門の職人が趣向を凝らして奉製する「季節限定の切り絵御朱印」です。
モミジの葉や国重要文化財の仏像シルエット、季節の花々を極めて緻密にレーザーカットした切り絵御朱印は、光にかざすことで陰影の美しさが際立ちます。また、普門寺オリジナルの限定御朱印帳は、四季の自然や寺宝をモチーフにした上質な布地や木表紙で仕立てられており、手に取った瞬間に重厚な質感が伝わります。
御朱印の授与時間は通常午前9時00分から午後4時00分までとなっており、もみじ祭り期間中などの繁忙期には書き置き（紙での授与）が中心となる場合があります。丁寧な手作業で作られる限定授与品は数に限りがあるため、希望者は午前中の早い時間帯に客殿・寺務所を訪れるのが確実です。
