終末時計に対して「嘘」「科学的根拠がない」という厳しい指摘が向けられる背景には、評価基準の曖昧さがあります。
物理法則や統計学的な確率モデルに基づく客観的な計算式が存在するわけではありません。「核弾頭の数が何基増えたら何秒進む」「地球の平均気温が0.1度上がったら何秒進む」といった明確な定量基準はなく、最終的には委員会メンバーのディスカッションによる定性的な評価（印象や合意形成）で決められています。
また、創設当初は「核戦争の脅威」のみを対象としていたのに対し、2007年からは「気候変動」、近年では「バイオ兵器」や「AIの軍事利用」「情報戦（ディスインフォメーション）」まで評価対象が際限なく拡大されました。その結果、以下のような政治的バイアスへの批判が噴出しています。
- リベラル・西側諸国寄りのイデオロギー反映：環境問題や国際協調を重視する米リベラル層の政策スタンスに過度に沿った主張が見られる点。
- 複合要因による数値の形骸化：異なるリスクを強引に合算して「残り〇秒」と一本化すること自体に、学術的な合理性が見出せない点。
科学の看板を掲げながらも、実態は「特定の政治的メッセージを発信するためのキャンペーン」と化していることが、多くの識者やユーザーから強い不信感を買う原因です。
