物語を通じてイースター社とガーディアン双方が追い求めた「何でも願いが叶う魔法のたまご・エンブリオ」。その実態は、外の世界に存在するアイテムではありませんでした。
エンブリオの正体は「持ち主自身がまだ自覚していない、無限の可能性を秘めた心のたまごそのもの」です。ひかるが抱えていたたまごは中身が空っぽの抜け殻であり、彼が心を開き「なりたい自分」を願った瞬間に、初めて本物のしゅごキャラのたまごとして輝きを放ちました。
大人が欲望のために奪い合っていた幻影を解き明かし、「誰の心の中にも自分だけのエンブリオがある」というメッセージへと昇華させた構成は、本作が単なる魔法少女モノにとどまらない傑作と呼ばれる大きな理由です。