忍たま乱太郎ミュージカルのあらすじは、基本的に原作・アニメのエピソードをベースにしながらも、舞台オリジナルの展開を大幅に加えることで1本の独立した物語として構成されている。これがアニメを知らない初見の観客でも楽しめる大きな理由だ。
典型的なあらすじ構成は「忍術学園の日常+事件や敵の登場+仲間との絆を深めるクライマックス」という三部構成。随所に笑いと感動が散りばめられており、特に後半の「団結シーン」では劇場全体が一体感に包まれるという観客の証言が多い。公演によっては「観客参加型コーナー」が設けられており、子どもたちが忍者の動きを一緒にやってみるインタラクティブな演出も好評だ。
アニメと舞台の違いという観点からは、最も大きな差異は「リアルタイム性」にある。アニメのキャラクターが目の前の生身の俳優として動き、歌い、アクションをするという体験は、映像メディアでは絶対に得られないものだ。また、アニメでは声優が作り出す「声の演技」が魅力の中心だが、舞台版では俳優の全身表現・歌唱力・アクション技術という複合的なスキルが前面に出る。
一方で、アニメにしかない魅力も確かに存在する。アニメの「あの声」でなければという忠実派ファンにとっては、どれだけ舞台版が優れていても「やっぱり声優さんじゃないと」という感覚は残るようだ。ただし、こうした「最初は懐疑的だったが舞台を実際に観て感動した」という体験談がファンコミュニティに多数蓄積されており、舞台版の「説得力」が着実に積み上がっている状況を示している。