多くの視聴者が涙した最大の要因は、完結編で明かされたタイムスリップの真相と、南方仁と橘咲の切なすぎる結末にあります。
南方仁が幕末へ飛ばされた発端は、現代の東都大学附属病院に担ぎ込まれた「身元不明の頭部外傷患者」の手術でした。仁はその患者の脳内から、奇妙な形をした胎児様腫瘍（奇形腫）を摘出します。その後、意識を取り戻して逃走した患者と非常階段で揉み合いになり、仁は階段から転落して文久2年（1862年）の幕末へとタイムスリップしました。
完結編の結末で明かされた真相は、時空が円環構造を描く「平行世界（パラレルワールド）をめぐるタイムループ」でした。現代で仁が手術した謎の患者の正体は、別の時間軸で幕末を生き、仁友堂で咲たちと過ごした末に現代へと戻ってきた「未来の南方仁自身」だったのです。
そして物語は、テレビドラマ史上に残る悲哀と崇高な愛のクライマックスを迎えます。幕末で緑膿菌感染症に倒れた咲を救うため、現代の特効薬を持ち込もうとした仁は、再び時空の歪みに飲み込まれて平成の現代へと帰還します。しかし、そこで仁を待っていたのは「歴史の修正力」という過酷な現実でした。
歴史の修正力によって、幕末の人々の記憶や記録から「南方仁」という医師の存在と名前は消去されていました。現代に戻った仁が橘医院の跡地にある橘家（咲の生家）を訪ねると、そこには咲が遺した一通の手紙が保管されていました。
「〇〇先生へ。先生、お元気でいらっしゃいますでしょうか。……咲は、ずっとずっと、お慕い申しておりました」
咲は、揚げ出し豆腐が好きだったことや、自らを導いてくれた医師がいた事実を覚えていながらも、修正力によってどうしても名前だけを思い出すことができませんでした。それでも、胸に残る温もりと恋心だけは絶対に消させないと、名も知らぬ「〇〇先生」へ宛てて手紙をしたためていたのです。記憶を消し去る時間という絶対的な壁と、それを超越して生き続ける咲の不滅の愛。この手紙の朗読シーンと重なる「逢いたくていま」の旋律は、視聴者の魂を激しく揺さぶりました。
