「ひまわりの種に毒性はあるのか？」という疑問を抱く方もいますが、人間用に流通している品種そのものに固有の強い毒素は含まれていません。ただし、完全に加熱されていない生の種を大量に摂取すると、消化酵素阻害物質の影響で消化不良を起こしたり、保存環境によって生じた雑菌やカビによる健康被害を受けるリスクがあります。安全面と風味の両面から、基本的には加熱ローストされたものを口にすることが推奨されます。
また、最大の注意点は「カロリーと脂質の高さ」です。ひまわりの種は100gあたり約600kcal前後と、一般的なナッツ類と同等以上のエネルギーを持っています。
ヘルシーだからとスナック感覚で食べ続けるとカロリー過多となり、体重増加や皮脂の過剰分泌につながりかねません。1日の適正摂取量は、むき身の状態でスプーン1〜2杯程度（約15〜20g、約90〜120kcal）を目安にすると、過剰摂取を防ぎつつ優れた栄養メリットだけを効率的に享受できます。
