歌舞伎症候群の診断は、臨床的な身体特徴の観察と遺伝学的検査を組み合わせて行われます。新生児期から乳児期にかけては哺乳不良や筋緊張低下が目立ち、成長に伴って骨格や皮膚の特異的なサインが明瞭になっていきます。
代表的な五大徴候として知られる歌舞伎症候群の特徴は以下の通りです。
- 特徴的な顔貌：切れ長の眼裂、下眼瞼外反、弓状の濃い眉、長いまつ毛、鼻尖の陥凹、立ち耳など。
- 骨格の異常：第5指（小指）の短小や内弯、側弯症、関節の過可動性、脊椎の形態異常。
- 皮膚紋理の異常：指先の腹にある隆起（胎児型指パッド）の遺残、指紋パターンの特徴。
- 成長障害・哺乳困難：乳幼児期の体重増加不良、筋緊張低下、小児期の成長ホルモン分泌不全による低身長。
- 知的発達の遅れ：軽度から中等度を中心とする認知・言語面の発達遅滞。
保護者や支援者が最も関心を寄せる歌舞伎症候群の知的障害の程度は、IQ（知能指数）換算で50〜70前後の軽度から中等度の範囲に収まるケースが全体の半数以上を占めます。ただし、個人差が非常に大きく、境界知能にとどまり普通学級で支援を受けながら学ぶ子どもから、重度の重複障害を伴う子どもまでグラデーションが存在します。視覚的な認知力や人懐っこい社会性が保たれやすい一方、言語理解や微細運動の面で個別支援が必要となる傾向が見られます。
出生前の検査に関する疑問として、「歌舞伎症候群は胎児エコーで判明するのか」という点があります。現代の超音波画像診断をもってしても、胎児エコーのみで歌舞伎症候群と確定診断を下すことは極めて困難です。胎児期に心奇形（大動脈縮窄症や心室中隔欠損など）、羊水過多、胎児発育不全（FGR）が確認されて精密検査の対象になることはありますが、顔立ちや指パッドといった微細な形態学的特徴を子宮内で完全に特定することはできません。確定診断は出生後の臨床観察および小児遺伝専門医による遺伝子パネル検査を経て確定されます。
