車で遠方から参拝する方にとって最大の関心事である駐車料金ですが、伊弉諾神宮の境内周辺に整備されている参拝者用駐車場は完全無料で開放されています。淡路島内の主要観光地や大型リゾート施設では有料駐車場が増加傾向にある中、拝観時間 駐車場料金を一切気にせず利用できる点は、参拝者にとって大きなメリットです。
一般的な伊弉諾神宮 駐車場 営業時間については、ゲートによる夜間封鎖が一部を除いて行われておらず、基本的に24時間出入庫できる運用体制が採られています。ただし、境内の授与所（御札・御守・御朱印）の対応時間は通常午前9時00分から午後5時00分までとなっており、夜間や早朝は参道照明が限られます。静かな環境でじっくり参拝したい方は、日の出から授与所が開く午前8時台にかけての到着を目安に計画を立てると快適です。
境内のすぐ横に位置する物産・休憩処「伊弉諾神宮 せきれい館 駐車場」周辺は、大型観光バスの乗降場や参拝受付に近いため最も埋まりやすい傾向にあります。普通車の収容能力としては、境内南側の大鳥居横エリアと道路を挟んだ東側エリアを合わせて、平常時で約300台の伊弉諾神宮 駐車場 台数が確保されています。
