分類学の世界において、「マンタ」という呼称は特定の単一魚種を指す標準和名ではありません。長年、マンタは1種類のみとされてきましたが、2009年の研究報告および近年の遺伝子解析によって、かつての「マンタ」は「オニイトマキエイ（Mobula birostris）」と「ナンヨウマンタ（Mobula alfredi）」の2種に明確に区分されています。
さらに国際的な分類の再編に伴い、従来使われていたマンタ属（Manta）はイトマキエイ属（Mobula）へと統合されました。現在水族館などで見られるマンタの多くは、沿岸域に定住しやすいナンヨウマンタです。沖縄美ら海水族館をはじめとする飼育現場のデータによると、ナンヨウマンタは成熟時の幅が3〜4メートル前後であるのに対し、外洋を回遊するオニイトマキエイは最大で翼幅7メートル超・体重2トンに達する文字通りの怪物級サイズを誇ります。
また、軟骨魚類サメとの違いに触れると、両者の系統関係がより明瞭になります。エイもマンタも、骨格が硬い骨ではなくしなやかな軟骨でできた「軟骨魚綱板鰓亜綱（ばんさいあこう）」に属し、サメとはいわば兄弟のような関係です。サメとエイを分ける生物学的な唯一の絶対基準は「エラ穴（鰓裂）がどこにあるか」です。体の側面にエラ穴があればサメ、体の下面（腹側）にエラ穴があればエイに分類されます。マンタはお腹側に5対のエラ穴が並んでいるため、どれほど巨大であっても紛れもない「エイの仲間」なのです。
