『地球防衛軍6』のストーリーにおける最大のサプライズは、巧妙に仕組まれた「タイムループ構造」です。物語の冒頭、プレイヤーが目にするのは前作『地球防衛軍5』の激戦によって人類の9割が死滅し、文明が崩壊した絶望的な世界でした。主人公である「ストーム1」は孤独な戦いを続けていましたが、謎のリング型巨大建造物の出現とともに時間が巻き戻り、前作の開戦前へと跳躍します。
このループの黒幕は、未来で敗北を悟った敵勢力「プライマー」でした。彼らはタイムトラベルによって過去を改変し、人類を確実に滅亡させる歴史を作ろうと画策していたのです。しかし、ストーム1とともに記憶を保持したまま過去へと渡った科学者「プロフェッサー」の機転により、人類側も徐々に歴史の改変に介入していきます。
幾度もの時間遡行を繰り返すなかで、絶望的な敗北の未来が少しずつ塗り替えられ、かつて失われた仲間たちが生存するルートへと分岐していく演出は圧巻の一言です。最終決戦では、ループの元凶であるプライマーのタイムシップ中枢を撃破し、人類はついに「侵略者の存在しない真の平和」を掴み取ります。B級特撮風のアクションゲームという枠組みを超え、練り込まれたSFサスペンスとして描かれたこの結末こそが、多くのプレイヤーに強烈な感動をもたらした最大の理由です。
