つくば市の小中一貫教育は全国からモデルケースとして視察が相次ぐ教育システムです。義務教育9年間をひとつのカリキュラムとして捉え、従来の「小6の壁」「中1ギャップ」を構造的に解消する狙いを持っています。みどりの学園では、前期（1〜4年）、中期（5〜7年）、後期（8〜9年）などの弾力的な学年ブロック制を採用し、小学校段階からの教科担任制導入やネイティブスピーカーによるハイレベルな英語授業を展開しています。
さらに特筆すべきは、第50回パナソニック教育財団特別研究指定校としての実績です。1人1台端末の日常使いはもちろん、生徒自身が探究課題を設定してプレゼンテーションを行うアクティブラーニングが日常化しています。生徒の行動指針として策定された「みどりのプライド」や、学校いじめ防止基本方針、児童生徒の生活支援を担う「みどりのSCC」の運営など、大規模校であっても規律と個人の尊厳を両立させるシステム整備に余念がありません。
