リハビリ病院への長期入院（2〜6ヶ月程度）で最も懸念されるのが入院費用です。基本的な医療費やリハビリ費用は健康保険が適用され、自己負担限度額を超える分は「高額療養費制度（限度額適用認定証）」によって頭打ちになるため、医療費そのものが際限なく跳ね上がる心配はありません。
実質的な負担差を生むのは、保険適用外となる「室料差額（差額ベッド代）」と「食事代・雑費」です。大部屋（4人部屋など）を選択できればベッド代はかかりませんが、個室や2人部屋を利用する場合は1日あたり数千円から1万円以上の室料差額が発生します。これに加え、標準負担額の食事代、病衣やタオル類の日用品レンタル（CSセット等のアメニティサービス）が月額で加算されるため、一般的な月額総自己負担額の目安はおよそ8万〜15万円前後（高額療養費適用・大部屋の場合）、個室利用時はさらに上乗せとなります。事前の費用試算は必須です。
