全国的にも珍しい「百万遍」という地名の直接的な源流は、交差点の北東に広大な境内を構える百萬遍知恩寺（浄土宗大本山）にあります。正式名称を「知恩寺」と言いますが、地元では敬愛を込めて古くから「百万遍さん」の愛称で親しまれてきました。
歴史の歯車が大きく動いたのは、鎌倉時代末期の元弘元年（1331年）のことです。当時の京都一帯を猛烈な疫病が襲い、都の路上には病に倒れた人々の遺体があふれかえる惨状となりました。事態を重く見た後醍醐天皇は、知恩寺の第8世住職であった善阿空円（ぜんあくうえん）上人に対し、宮中にて疫病退散の祈祷を行うよう勅命を下します。
宮中に上がった空円上人は、念仏を百万回唱える「百万遍念仏」を昼夜兼行で修法しました。満願となる7日7夜を迎えた頃、都を覆い尽くしていた疫病の猛威は奇跡のように鎮静化したと伝えられています。後醍醐天皇はその卓越した霊験を称え、知恩寺に対して「百萬遍」の寺号と、弘法大師筆と伝わる利剣名号の宸翰（直筆の書）を下賜しました。これが、寺院および交差点周辺一帯が「百万遍」と呼ばれるようになった決定的な由来と理由です。
この歴史的快挙をきっかけに確立されたのが、知恩寺を象徴する儀式である「大念珠繰り（大数珠繰り）」です。寺伝や各種古文書によると、個人で百万回もの念仏を唱え切ることは過酷を極めるため、信徒や僧侶が集団で車座になり、長さ百十数メートル・1080個の大きな木製珠からなる巨大念珠を声を合わせて繰り回す形式が生み出されました。皆で力を合わせることで百万遍の功徳を分かち合うというこの合理的かつ融和的な信仰儀礼は、知恩寺を発祥として全国各地の寺院や集落へと急速に広がっていきました。
現在でも百万遍知恩寺の御朱印所では、「百萬遍」の力強い墨書や「利剣名号」の宝印が押された由緒ある御朱印を授与してもらうことができ、歴史ファンや参拝者の絶えない目的地となっています。
