高校選択において最も慎重に見極めるべきは、卒業後の出口戦略です。第一薬科大学付属高等学校 進路・大学合格実績における最大の強みは、広大な都築学園グループ各校への優先進学パイプです。
特に薬進コースからは、隣接する第一薬科大学（薬学部薬学科・看護学部など）への内部推薦枠が優先的に配分されます。一般入試で難関化しやすい6年制薬学科への進学ルートが手元にある点は、薬剤師を目指す家庭にとって強力なアドバンテージとなります。さらに、日本経済大学、神戸国際大学、福岡こども短期大学などグループ内の高等教育機関への指定校枠が豊富に確保されています。
一方、近年存在感を増しているのが第一薬科大学付属高等学校 通信制課程です。広域通信制として福岡キャンパスを中心に展開し、全日制からの転籍や他校からの編入生を温かく受け入れています。オンライン学習システムとスクーリングを組み合わせ、不登校傾向にあった生徒が自立を取り戻す場として、また自営業の手伝いやプロ活動に専念する生徒の学習拠点として高い卒業率を維持しています。
