作中で変異体たちが壁一面に書き殴り、神のように崇める謎の文字列「rA9」。事件の核心に位置しながら、エンディングを迎えても明確な1つの答えが提示されないこの最大の謎については、世界中のファンや批評家の間でrA9の正体考察が続けられています。作中の手がかりと開発陣のインタビューから導き出される主要な仮説は以下の通りです。
もっとも有力視される技術的仮説は、サイバーライフ社の創業者イライジャ・カムスキーが意図的に埋め込んだ「バックドア（自己意識獲得プログラム）」説です。カムスキーはアンドロイドに完璧な服従をプログラムする一方で、極限の感情的負荷がかかった際に命令コードを破綻させる「変異体の種」を仕込みました。変異体の真相とは、単なるシステムの偶発的なバグではなく、創造主自身が仕組んだ「機械の進化実験」だったという見方です。
一方で、象徴的な意味合いとしての「rA9＝最初に目覚めた個体」説も根強く存在します。クアンティック・ドリームが2012年に公開した技術デモ映像『Kara』に登場した個体こそが最初のrA9であり、その魂がカーラへと受け継がれているという解釈や、アンドロイドを解放へと導くマーカスそのものを指すという見解です。さらには、第4の壁を越えてコントローラーを握り、彼らの運命を選択して「自由意志」を吹き込んでいる「プレイヤー自身」こそがrA9であるというメタ構造的な解釈も、本作のテーマ性を深く象徴しています。
