かつて広く利用されていた紙の「往復割引乗車券」や「2枚回数券」については、近年の運賃改定およびデジタルチケット移行に伴い取り扱いが大幅に見直されています。
最新の運賃体系において、長崎空港から長崎駅の片道料金は約1,200円に設定されています。従来の紙による往復割引券は段階的に整理されており、割引適用を狙う場合は公式モバイルチケットアプリ（長崎県営バスや決済事業者提携のWEB乗車券）を活用したデジタル回数券や、特定の往復QR企画券の有無を搭乗前に確認しておくのが賢明です。
ただし、単独の往復利用で数百円の割引を狙うために複雑な会員登録や専用アプリ決済を行う手間を考慮すると、手持ちの交通系ICカードでスムーズに乗降する方が時間対効果の観点から推奨されます。
