同ホテルを語る上で欠かせないのが、世界的な怪獣IPと融合した客室展開です。最上階30階に位置する1日1室限定のホテルグレイスリー新宿 ゴジラルームは、映画の世界観を忠実に再現した特殊ギミックや巨大なゴジラの手のオブジェ、宿泊者限定のオリジナルプレミアムグッズが用意されており、国内外のファンによる激しい予約争奪戦が続いています。
また、窓の外に実物大の頭部が迫る「ゴジラビュールーム」も人気を博しており、朝目覚めた瞬間に怪獣と目が合う非日常的な宿泊体験を提供しています。宿泊者専用スペースとなる8階屋外テラスでの新宿東宝ビル ゴジラヘッド 見学では、間近で咆哮や発光ギミックを体感できる貴重な機会が提供され、夜間のライトアップ演出も大きな見どころです。
8階のカフェラウンジであるホテルグレイスリー新宿 カフェテラス ボンサルーテでは、ゴジラをモチーフにした特製ケーキセットや本格的なカフェメニューが用意されており、チェックイン前後のリフレッシュや打ち合わせの場としても高い実用性を備えています。