もっとも、万能に見えるミサイル艇にも明確な弱点は存在する。最大の課題は、航続距離の短さと荒天時の波浪耐性（耐航性）の低さだ。
外洋での長期間にわたる哨戒活動や、荒れ狂う冬の日本海での連続運用においては、大型の護衛艦に遠く及ばない。また、独自の高度な防空システムを持たないため、上空からの敵戦闘機や大型攻撃ドローンに捕捉された場合、単独での生存性は極めて低い。日本が南西諸島をはじめとする広大な海域を防衛する上では、ミサイル艇を単なる使い捨ての武器とするのではなく、陸上自衛隊の地対艦ミサイル部隊や航空自衛隊のF-35、そして護衛艦隊といかにシームレスにデータリンクし、多層的な防衛網の一部として組み込めるかが、今後の勝敗を分ける鍵となる。 （出典: ミサイル 艇（Yahoo!ニュース））
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