石垣島へ移住後、自給自足のコミュニティ形成を目指した彼女でしたが、2016年を迎えると世間の耳目を集める激動の渦へと巻き込まれていきます。同年7月、第24回参議院議員通常選挙（東京都選挙区）に新党改革から出馬し、高樹沙耶 医療大麻の合法化および研究推進を公約の前面に掲げて国政へ挑戦しました。結果は落選に終わったものの、その主張は日本社会に大きな波紋を広げました。
そして選挙からわずか3カ月後の2016年10月25日、厚生労働省関東信越厚生局麻薬取締部（マトリ）が石垣島の自宅を家宅捜索し、大麻取締法違反（所持）の容疑で彼女と同居していた男性らが現行犯逮捕されるという衝撃的な事態に発展します。
当時、ワイドショーなどのマスメディアは高樹沙耶 同居男性との関係を「一妻多夫の奇妙な共同生活」「洗脳された元女優」といったセンセーショナルな切り口で連日報道しました。しかし、高樹沙耶 逮捕の真相を当時の裁判記録や関係者の証言から客観的に検証すると、メディアが煽った絵図とは異なる内情が浮かび上がります。
法廷において、彼女は一貫して「押収された大麻は同居男性が所持・使用していたものであり、自分自身のものではない」として無罪を主張しました。同居していた男性らは、エコビレッジの設立を目指す同志や大麻草の産業利用を研究する活動家であり、共同生活は生活コストの削減と作業分担を目的としたシェアハウス形式に近いものでした。しかし、同じ敷地内・住居内に大麻が存在することを認識していた点から「共同所持」の成立が認められ、2017年4月に懲役1年・執行猶予3年の有罪判決が言い渡されました。2020年に執行猶予期間を満了し、法的な刑期を終えた現在も、彼女自身はこの事件を通じて日本の薬物報道の偏りや捜査手法について疑問の声を投げかけています。
