三崎神社の創建は古く、鎌倉時代の建久年間（1190〜1199年）に遡るとされる。当時は現在の千代田区大手町付近、かつて「三崎村」と呼ばれた海辺の地に位置していた。土地の境界や岬（みさき）を守る神としての性格が強く、文字通り「三崎」の名が冠されたという。
江戸幕府を開いた徳川家康がこの地を訪れた際、社地の清浄さに深く感銘を受け、自ら参拝したという記録が残る。その後、江戸城の拡張や都市計画に伴って幾度かの移転を余儀なくされ、万治2年（1659年）に現在の水道橋の地へと落ち着いた。度重なる災害や戦火を乗り越え、この地で400年近く人々の営みを見守り続けてきた歴史の重みは、境内に一歩足を踏み入れるだけで肌に伝わってくる。
