嵯峨野高校の受験難易度を正しく理解するには、設置されている2つの学科の明確な違いを把握しなければなりません。大手模試（駿台、馬渕教室、五ツ木・京都模擬テスト会など）の集計数値によると、京都こすもす科の偏差値は71、普通科の偏差値は62を記録しています。
京都こすもす科は、京都府全域から志願可能な「専門学科」であり、入試は2月中旬に実施される「前期選抜」で行われます。学力検査には各校独自作成のハイレベルな問題が課され、国語・数学・英語・理科・社会の5教科すべてで高度な記述力・思考力が要求されます。大手進学塾の追跡調査による京都府立嵯峨野高等学校の合格最低点の推計では、満点（内申点＋学力検査＋面接・小論文等）に対して得点率72%〜75%が合否を分けるボーダーラインとなっています。
一方、普通科は3月上旬の「中期選抜」を中心に募集が行われ、こちらは京都府統一の共通問題で競われます。嵯峨野高校の倍率推移を見ると、こすもす科は例年1.8倍〜2.3倍の高倍率で推移しており、不合格となった受験層が中期選抜で嵯峨野普通科や近隣の山城高校、桃山高校へと回る構図が定着しています。普通科であっても内申点（調査書）のオール4以上は必須であり、主要5教科に「5」が複数並ぶ成績水準が求められます。
