ミサイル飛来時にJアラートが鳴った場合、わずか数分の間で即座に身を守る行動を取らなければなりません。
基本となる避難行動は、屋外にいる場合は最寄りのコンクリート造の堅牢な建物や地下街・地下鉄の駅へ直ちに退避することです。建物内では窓ガラスの破損による怪我を防ぐため、窓のない中央の部屋や廊下に身を伏せ、頭部をクッションや衣類で保護します。
一方、長期的な放射線遮断を可能にする家庭用核シェルターの普及率を見ると、スイスやイスラエルが人口比100％を達成しているのに対し、日本国内の普及率は0.1％未満と先進国の中で極めて低い現状にあります。個人シェルターの導入には数百万円以上の費用がかかるため、公共の緊急一時避難施設（地下鉄駅など）の活用と、発災直後の適切な屋内退避の判断が命を守る現実的な選択肢となります。
