初代エグゼには、一度ストーリーを進めると再入手が困難になるアイテムや、取り逃すと取り返しのつかない要素が複数存在します。後悔しない育成を進めるために、進行段階ごとの重要チェックポイントを把握しておく必要があります。
代表例が、各エリアのショップで購入できる「HPメモリ」や「バスターアップ」の在庫数、そしてNPCとの特定期間限定トレードです。特に一部のサブイベントやメール受信フラグは、ボス撃破直後にストーリーが強制進行すると消滅する場合があります。また、電脳世界の各所に配置されている固定ミステリーデータの中には、プラグアウトすると二度と出現しない貴重なチップが含まれているため、探索時はマップの隅々まで回収し切る徹底した立ち回りが求められます。
さらに、ゲーム中盤以降の被ダメージを半減させる必須装備がアーマー入手方法の確立です。本作のアーマーは属性耐性とダメージ半減効果を兼ね備えており、生存率を劇的に引き上げます。
アーマーは主にデンサンシティの科学省や特定のショップ、依頼イベントを通じて入手可能です。ヒートアーマー、アクアアーマー、ウッドアーマーの3種が存在し、装備すると同属性の攻撃を半減（無属性攻撃も半減）しますが、弱点属性の攻撃を受けると通常通りの大ダメージを受けてしまう点には注意が必要です。挑むボスの属性に合わせてアーマーを着替えることが、終盤のボス戦における鉄則です。
