訪れる前にまず押さえておきたいのが、一般的な映画館とは大きく異なる上映システムと料金体系です。上野オークラ劇場では、基本的に3作品の連続上映(3本立て)を基本としており、チケット1枚で上映中の作品をすべて鑑賞することが可能です。指定席制ではなく自由席制が採用されており、完全入れ替え制も導入されていません。
さらに特徴的なのが、終夜上映を行うオールナイト営業の存在です。年中無休・24時間に近いスケジュールで上映が繰り返されており、終電を逃した人々が始発を待つための退避場所としても機能してきた歴史的背景があります。最新の鑑賞料金は一般で1,600円、シニアや学生は1,300円に設定されており、ゆったりと鑑賞できるリクライニング仕様の「プレミアムシート」を選択する場合は1,900円となります。
タイムテーブルは公式サイトや劇場前の掲示で定期的に更新されており、週替わりまたは隔週で作品ラインナップが入れ替わります。朝一番の上映から夜間のレイトショー、そして未明のオールナイト枠まで切れ目なくフィルムが回されているため、訪れる時間帯によって客層の表情が劇的に変化する点も興味深い特徴です。