爆発的な人気を博す一方で、利用者が事前に理解しておくべき構造的な盲点も存在します。特に、インバウンド旅行者が関わるドンキホーテ免税手続きの経緯と現行制度をめぐっては、ネット上に古い情報が錯綜しており、現場での混乱が生じるケースが後を絶ちません。
日本政府による訪日外国人向け消費税免税制度は、不正転売の横行や手続きの煩雑化を受け、近年段階的に厳格化されてきました。かつて店頭でレシートをパスポートに貼り付けるだけだったアナログ運用から、税関データと即時連携する完全電子化システムへの移行を経ています。さらに「出国時の一括還付方式（リファンド方式）」の導入論議など、免税手続きのルールは刻一刻と変化しています。海外旅行客向けクーポン（免税10%に加え、購入金額に応じた最大5〜7%追加割引など）の適用条件や対象除外品（酒類・医薬品の一部指定区分など）を正確に把握していないと、レジで思わぬ時間を要するトラブルになりかねません。
また、国内の買い物客における誤解として「すべての商品が他店より絶対的に安いわけではない」という事実があります。ドン・キホーテの価格設定は、他店を圧倒する「目玉商品（ロスリーダー）」で集客し、通常価格帯の生活雑貨を併せ買いしてもらう小売の王道ロジックに基づいています。ネット上の「何を買っても最安値」という極端な言説を鵜呑みにせず、プライベートブランドや特売品と通常NB製品を冷静に見極める視線が求められます。
