購入後に「使いづらい」「イメージと違った」と放置してしまう事態を避けるために、木製ペンケースの一生モノの選び方には明確な3つのチェック基準が存在します。
第1に「内部の緩衝材加工」の有無です。万年筆や高価格帯のシャープペンシルを収納する場合、木肌が露出したままの内部構造では筆記具同士が接触して摩耗します。内側にピッグスエードやベルベット調のクロスが敷かれているモデル、あるいは1本ずつ独立した溝（ペントレイ構造）が彫り込まれている製品を選ぶことが、愛用ペンを保護する決定打となります。
第2に「開閉機構の精度」です。マグネット埋め込み式の蓋は外観がスマートで片手でも開けやすい一方、磁力が弱すぎると鞄の中で内容物が散乱します。逆に金属蝶番（ヒンジ）モデルは開口部が大きく開きますが、ヒンジ自体の剛性とネジの緩みやすさを確認する必要があります。
第3に、贈り物として絶大な人気を誇る木製ペンケースの名入れギフトにおけるフォントと配置の設計です。記念品や就職祝いとしてレーザー彫刻を施す際、コントラストが強すぎる大きな文字は銘木の質感を損ないかねません。木目の美しさを邪魔しないよう、側面下部や内蓋裏などにさりげなくローマ字筆記体で刻印する仕様が、大人のステーショナリーとして最も洗練された印象を与えます。
