一方で、単なる眠気や癖と見誤ってはならないのが、細菌感染による炎症や皮膚疾患です。特に乳幼児の耳管は成人よりも太く短く、水平に近い角度で走行しているため、風邪を引いた際に鼻の奥の細菌が容易に中耳腔へ侵入します。
警戒すべきは急性中耳炎の赤ちゃんに見られる症状です。突然の38度以上の発熱とともに、耳の激痛から激しく泣き叫び、横抱きにされるのを極端に嫌がる傾向があります。さらに炎症が悪化して鼓膜に穴が開くと、赤ちゃん 耳垢 臭いと感じるような黄色〜褐色の膿（耳だれ）が外耳道から漏れ出す事態に至ります。
皮膚トラブルも見逃せません。皮脂分泌が盛んな生後数か月期には乳児湿疹が耳の裏や付け根の皮膚のくびれに発生しやすく、汗や垢が溜まって強い痒みを引き起こします。痒みに耐えかねて赤ちゃんが耳を掻きむしり血が出るまで皮膚を傷つけてしまうと、黄色ブドウ球菌などが二次感染し「とびひ（伝染性膿痂疹）」へと進行するリスクが高まるため、迅速なスキンケアや外用薬の塗布が必須となります。
