多くの栽培者が直面する「なぜか玉が大きくならない」「収穫して吊るしておいたら夏場に異臭を放って腐った」という悲劇の根底には、追肥の遅れと止め肥の失敗があります。玉ねぎ止め肥の真相とは、球の肥大期に余剰な窒素を土壌中に残さないための「意図的な肥料切れ状態」を作り出す作業に他なりません。
植物生理学的に、玉ねぎは一定の葉枚数が確保された後、日長が長くなる刺激（長日条件）と気温の上昇を受けて球の肥大を開始します。この球肥大期に入っているにもかかわらず根から窒素を吸収し続けると、植物体は「葉を伸ばす栄養成長」を止められず、球の内部へ養分を濃縮する「生殖・肥大プロセス」への移行が妨げられます。その結果、首の部分（葉鞘基部）が太いまま締まらず、雨水や土壌中の病原菌が内部へ容易に侵入する構造的な欠陥が生じます。
これが、軟腐病や灰色腐敗病といった玉ねぎとう立ち病気の原因や収穫後の腐敗を引き起こす最大の元凶です。農業試験場の報告でも、3月下旬以降に過剰な窒素追肥を行った区画では、適期に施肥を打ち切った区画と比較して貯蔵中の腐敗率が有意に上昇することが実証されています。
さらに玉ねぎ追肥遅れの影響は病害だけにとどまりません。冬の寒さに当たって花芽が形成された後、春先に過剰な肥効が残っていると、球の肥大ではなく芯から花茎を伸ばす「とう立ち（ネギ坊主の発生）」が誘発されます。芯が硬くなった玉ねぎは食用価値が著しく落ち、肥大も途中で完全にストップしてしまいます。「遅れたから今からでも撒いておこう」という善意の追肥が、結果として作物を全滅へと追いやる決定打になるのです。
