言語の選択にもその違いは如実に表れている。『古事記』は日本語の響きを漢字で表した「変体漢文」で書かれ、口承文学のような生き生きとしたリズムを持つ。感情表現が豊かで、神々の失敗や恥ずかしいエピソードも隠さずに描かれる。
これに対し、『日本書紀』は格調高い「純漢文」だ。当時の東アジアの共通言語で書かれており、冷徹で客観的な記述が続く。「一書に曰く（ある本によると）」という形で、複数の異説を併記する編集スタイルをとっている。これは、国家の正史としての客観性を担保するための、極めて近代的な手法だったと言える。
