現地を訪れる際に真っ先に把握しておきたいのが、入館料の料金体系と各種割引クーポンの割引率です。ふじやま温泉の料金体系は、利用する時間帯や曜日（平日／土日祝・特定日）によって細かく設定されています。通常料金には入浴料のほか、バスタオル・フェイスタオル・館内着（大人）のレンタルが含まれており、一般的な日帰り温浴施設よりもホスピタリティの高いセット価格となっています。
定価でそのままフロント受付を行うのは得策ではありません。現在流通している主要な割引ルートを検証すると、最大で数百円から半額近いコストカット、さらには完全無料化まで明確な格差が存在します。
まず最大の優位性を持つのが、隣接するオフィシャルホテル「ハイランドリゾート ホテル＆スパ」の宿泊者特典です。宿泊客は滞在中、朝風呂を含めて何度でも無料で館内を利用できます。富士五湖観光やパーク滞在を兼ねる場合、宿泊費とのトータルバランスを考慮すると圧倒的な費用対効果を生み出します。
日帰り利用者が使える現実的な最安値ルートとしては、主に以下の3手法が挙げられます。
1つ目は、富士急ハイランド当日のフリーパス提示です。パークのアトラクションを楽しんだ後にチケットを提示することで、当日優待料金が適用され、大人料金から300円〜400円前後の割引を受けられます。2つ目は、アソビュー！やじゃらん等のWeb前売り電子チケットの事前決済です。ポイント還元と併せて割引価格で購入できるため、現地での受付もスムーズになります。3つ目は、JAF会員証やエポスカード、タイムズクラブなどの提携優待です。提示するだけでグループ全員に割引が適用されるケースが多く、手軽かつ確実な節約手段として機能します。
