酵素玄米を食べて体調を崩す場合、単なる気分の問題ではなく、明確な消化器系のメカニズムが存在します。玄米の表皮（糠層）には不溶性食物繊維が豊富に含まれているため、もともと胃腸がデリケートな人にとっては強い刺激物となってしまうのです。
便秘の悪化に悩む人の多くは、腸のぜん動運動が低下しているタイプ（痙攣性便秘など）です。そこに硬い不溶性食物繊維が大量に送り込まれると、便のカサばかりが増して腸内で詰まり、かえって頑固な便秘や激しい腹痛を引き起こします。十分な水分を一緒に補給できていない場合、この傾向はさらに顕著になります。
一方で、消化酵素の分泌が少ない人や胃腸の粘膜が弱い人は、玄米の外皮をうまく分解できず、激しい消化不良や胃もたれ、浸透圧性の下痢を発症します。「熟成されているから消化に優しい」というイメージが先行しがちですが、ベースはあくまで玄米。白米に比べて消化器官にかかる負担は決して小さくありません。
