藤代高校を語る上で欠かせないのが、全国にその名を知らしめた藤代高校野球部の存在です。公立校でありながら春夏合わせて複数回の甲子園出場歴を誇り、元プロ野球選手を輩出するなど、「公立の星」としての輝かしい伝統を築いてきました。
現在も茨城県高校野球界の上位常連校として高い競技力を保っており、恵まれた専用グラウンド設備と熱心な指導陣のもと、日々質の高いトレーニングが展開されています。私立強豪校のような特待生制度がない公立高校において、地元出身の球児たちが結束して強豪私立に立ち向かう姿勢は、在校生や卒業生、地域住民の大きな誇りとなっています。
野球部のみならず、藤代高校の部活動は文武両道の精神が徹底されています。サッカー部、テニス部、陸上部、バスケットボール部などの運動部はもちろん、吹奏楽部や美術部、写真部といった文化部も精力的に活動しており、生徒全体の約8割以上が何らかの部活動・同好会に所属しています。限られた放課後の時間を効率的に使い、部活動と日々の予習・復習を両立させるタイムマネジメント能力が自然と育まれる環境です。