作中で具体的に語られなかった重要な裏設定が、「なぜ繁栄を極めたラピュタ帝国が滅亡し、王族が二手に分かれたのか」という歴史的背景です。
設定資料および関連文献によると、ラピュタが天空都市を放棄して地上に降りたのは劇中から約700年前とされています。当時、高度なロボット工学や気象制御、恐怖の雷（インドラの矢）を誇った超文明は、突如として原因不明の疫病や生態系の異変、あるいは地上から切り離された生活による生命力の減退に直面しました。
空の上でどれほど高度な文明を築こうとも、人間は土から離れては生きられない――その真理を悟った当時の支配層は、都市を封印して地上へ帰還する決断を下します。しかし、その際に王家の内部で激しい思想分裂が起きました。
「二度と過ちを繰り返さぬよう、力を封印して自然と同化すべきだ」と考えた本家筋は、人の寄り付かない辺境のゴンドアの谷へ身を隠しました。一方、「かつての覇権を取り戻す知恵だけは保持すべきだ」と主張した分家筋は、地上の文明社会に溶け込み、代々血統と古文書の知識を継承していったのです。シータとムスカの遭遇は、700年の時を超えた「王族の思想闘争」の再燃にほかなりません。
