申請費用の総額を把握した後に直面するのが、パスポート申請費用支払い方法の選択です。かつては旅券センター内の売店で国の「収入印紙」と自治体の「都道府県証紙（または現金納付）」を別々に購入して受領証に貼り付ける方式が唯一の手段でした。しかし現在は、マイナポータルパスポートオンライン申請の普及によって手続きの様相が一変しています。
オンライン申請を選択した場合、最大のメリットとなるのがパスポートクレジットカード納付の利用です。審査完了後にマイナポータルへ通知される専用サイトからカード情報を事前登録し、受け取り時に決済を確定させる仕組みです。窓口で現金を用意したり、小銭を数えて印紙を購入したりする手間が一切省けるため、現代の旅行者にとって極めて親和性の高い選択肢と言えます。
ただし、デジタル決済には特有の警戒すべきポイントが存在します。外務省の広報や利用者の報告から明らかになった注意点は以下の通りです：
- 公的な領収書が原則発行されない：出張申請などで会社の経費精算を予定している場合、クレジットカード納付では紙の領収書が出ません。カード利用明細や納付完了画面の印刷で代用可能かどうか、事前に勤務先の経理規程を確認しなければ自腹を切るリスクがあります。
- 受け取り当日の通信環境と端末操作：決済は「受取窓口で旅券が手渡される瞬間」に確定処理を行います。スマートフォンの充電切れや電波障害、専用画面のログインパスワード忘れが発生すると、その場でパスポートを受け取れないトラブルが発生します。
- 家族分の決済カード名義：子供の旅券費用を親のクレジットカードで決済すること自体は可能ですが、オンライン手続き時の委任関係やカード認証手続きで手順を誤り、窓口で立ち往生するケースが多発しています。
一方、紙の申請書を用いて各都道府県の旅券窓口に赴く従来型申請では、依然として現金による印紙・証紙購入が主流です。一部自治体では窓口での電子マネー決済やコード決済の導入が進みつつあるものの、全国一律ではありません。「どこでもスマホ決済できる」と思い込んで手ぶらで窓口へ向かうのは禁物です。
