手水を終えて拝殿の前に進み出たら、いよいよ参拝の核心部分に入ります。一般に広く定着している「二礼二拍手一礼」ですが、神社本庁が定める祭祀儀礼の正式な呼称は「二拝二拍手一拝（にはいにはくしゅいっぱい）」です。「礼」よりもさらに深い90度の敬礼を指す「拝」を用いる点に、神道本来の厳格な敬意が表れています。
鈴が設置されている場合は、まず静かに鈴を鳴らします。鈴の清らかな音色は神霊を呼び寄せる合図であると同時に、空間を祓い清める力を持つと信じられてきました。その後、お賽銭を静かに納め、以下の手順で拝礼を行います。
- 二拝：背筋を真っ直ぐに伸ばした状態から、腰を折って深く頭を90度まで下げます。これを2回繰り返します。
- 二拍手：胸の高さで両手を合わせ、右手を左手よりも少し（指の第一関節ほど）手前に引きます。肩幅程度に手を開いて力強くパン、パンと2回打ち鳴らします。手を打った後、引いていた右手を再び左手と揃えて指先を合わせ、祈念を込めます。
- 一拝：最後に再び深く腰を折って90度のお辞儀を1回行い、直立に戻ってから小さく一揖して下がります。
なぜ拍手を打つ際に右手を少し引くのでしょうか。諸説ありますが、神道では左手が「霊（火・陽）」、右手が「身（水・陰）」を象徴し、神聖な左手に対して自分自身を表す右手を一歩引くことで、神に対する謙虚さと敬意を表す意味があるとされています。拍手を打ち終えた後に指先を揃える動作は、「神人合一（神と自分が一つに調和すること）」の境地を具現化したものです。
祈念の際、願い事の唱え方にも決まった順序があります。心の中でいきなり欲望を並べるのではなく、「祓え給へ、清め給へ、神ながら守り給へ、幸へ給へ（はらえたまえ、きよめたまえ、かむながらまもりたまえ、さきわえたまえ）」という神道伝統の祓詞（はらえことば）を心の中で唱えるのが理想的です。難しければ、まずは自身の「住所」「氏名」を名乗り、日頃平穏に過ごせていることへの感謝を伝えた上で、「これから〇〇の目標に向けて精進しますので、お見守りください」という誓いの言葉（宣誓）を述べるのが、最も神意に適った祈り方です。
