発熱や咳が治まった後に下痢が表面化する現象には、主に4つの医学的要因が絡み合っています。体がウイルスを制圧するプロセスそのものが、消化管に大きな負担を残しているためです。
第1に、腸粘膜へのウイルスの直接侵入と排出プロセスです。インフルエンザウイルスは気道粘膜だけでなく、一部が消化管の細胞にも感染します。全身の免疫システムがウイルスを叩き潰した後、壊死した腸粘膜の細胞やウイルス残屑を体外へ一気に洗い流そうとする生体防御反応として下痢が引き起こされます。
第2に、自律神経の乱れと腸管運動の亢進が挙げられます。数日間にわたる38度以上の高熱と戦った体は、交感神経が極度に緊張した状態から一気に副交感神経優位へと急激にシフトします。この自律神経の大きな揺らぎが腸の蠕動運動を過剰に刺激し、水分の再吸収が追いつかずに泥状便や水様便となって排出されます。
第3に、腸内細菌叢（マイクロバイオーム）の崩壊です。高熱による体力消耗や食生活の乱れ、さらには免疫細胞の激しい戦闘によって善玉菌が激減し、一時的な腸内環境の不均衡（ディスバイオーシス）が生じます。
第4に、感染後過敏性腸症候群のような粘膜の知覚過敏です。熱が下がっても、傷ついた腸壁の修復には数日から1週間程度のタイムラグが生じるため、消化不良による下痢が「治りかけのタイミング」で目立つのです。
