三重県立四日市南高校の進学実績は、地方公立進学校の中でも際立って「国公立大学への高い現役合格率」を維持しています。地元・三重大学をはじめ、名古屋大学、名古屋工業大学などの東海圏主要国立大への合格者は毎年多数にのぼり、金沢大学や神戸大学といった難関国立大へも安定して進学者を送り出しています。
私立大学に目を向けると、同志社大学、立命館大学、関西学院大学、関西大学の関関同立や、南山大学への進学率が極めて高く、一般選抜での合格力はもちろんのこと、長年の信頼によって蓄積された指定校推薦枠の充実度も強みです。早慶上智やMARCH、関関同立などの指定校枠を狙う上位層も存在しますが、校内の評定平均基準はシビアであり、日頃の定期テストで上位1割を維持し続ける継続的な努力が求められます。