赤紫蘇ジュース作りにおける最大のハイライトは、濃い黒紫色だった煮汁に酸（クエン酸や酢）を加えた瞬間、目の覚めるような鮮烈なルビーレッドへと一変する劇的な色の変化です。この現象には、しっかりとした生化学の裏付けが存在します。
赤紫蘇特有の深みのある赤紫色は、ポリフェノールの一種である「シソニン」と呼ばれるアントシアニン系色素によるものです。シソニンは中性から弱酸性の水溶液中では青紫色や黒褐色に近い色合いを保ちますが、強い酸性に傾くことで分子構造が変化し、光の吸収スペクトルが変わることで鮮明な赤色（オキソニウム型）へと発色します。つまり、酸を加える工程は単なる味付けではなく、色を定着・発色させるための不可欠な化学反応なのです。
それにもかかわらず、「なぜか仕上がりが黒ずんでしまう」「どす黒い濁った液体になってしまった」というトラブルが頻発します。現場の検証から判明した、黒ずみを引き起こす決定的な原因は以下の3点です。
第1の原因は「調理器具（鍋）の材質」です。鉄製やアルミニウム製、あるいは表面加工が劣化したホーロー鍋を使うと、微量に溶け出した金属イオン（特に鉄イオン）がアントシアニンやタンニンとキレート結合を起こします。この金属錯体形成によって色素が不可逆的に黒変し、どんなに後から酸を足しても澄んだルビー色には戻らなくなります。調理には必ずステンレス鍋か、傷のないホーロー鍋、耐熱ガラス容器を使用してください。
第2の原因は「煮出しすぎによるアクとタンニンの過剰抽出」です。良かれと思って10分以上グラグラと煮立たせると、赤紫蘇に含まれる渋み成分（タンニン）や雑味、灰汁（アク）が大量に煮汁へ移行します。これが液体の透明度を著しく奪い、茶色く濁った黒ずみの温床となります。抽出時間は「沸騰した湯に葉を投入後、中火で3分〜5分」が鉄則です。
第3の原因は「投入する酸の絶対量不足」です。赤紫蘇の葉の量に対して加えるクエン酸やお酢の量が足りないと、液体のpHが十分に酸性側（pH3以下）へ振り切れません。結果として中性付近の鈍い黒紫色のまま反応が中途半端に止まってしまいます。規定の分量を正確に計量して投入することが、クリアな発色を約束する鍵となります。
