シリーズが続く中で、「元々は幻だったがゲーム内で捕獲可能になった」という例外事例が登場し、プレイヤーの間で分類の議論が起こることがあります。その代表格がアルセウスとデオキシスです。
デオキシスは第3世代で映画配布の「オーロラチケット」が必要な幻のポケモンでしたが、『オメガルビー・アルファサファイア（ORAS）』のエピソード デルタ内にて通常プレイで捕獲可能になりました。また、シンオウ神話の創造神であるアルセウスも、『Pokémon LEGENDS アルセウス』の本編クリア後任務において正規に入手できるようになりました。
しかし、ゲームフリークの公式分類や公式図鑑において、一度「幻のポケモン」として定義されたポケモンが「伝説」へ格下げ・変更された例はありません。捕獲手段が追加されたとしても、公式設定上は依然として「幻のポケモン」の枠組みに留まり続けます。
また、位置情報ゲーム『Pokémon GO』においても幻のポケモンは厳密に隔離されています。伝説のポケモンは「特別な交換」枠を消費してフレンドとトレードできますが、幻のポケモンは原則トレード（交換）が一切不可能です。例外は、専用の特殊仕様を持つメルタン・メラルバ系統などに限られています。
