飛び入学と並んで検索されることが多いキーワードが「医学部の早期卒業」です。他学部であれば、優れた成績を修めた学生が3年間で学士課程を修了する制度を導入している大学もありますが、医学部医学科（6年制）において修業年限を短縮して早期卒業することは制度上できません。
これには日本の医師法および学校教育法が深く関係しています。医師国家試験の受験資格には「6年間の正規課程の修了」と「一定時間以上の臨床実習」が厳格に義務付けられており、大学独自の判断で学年をスキップさせて医師免許を取得させることは不可能な設計になっているためです。
その代わり、京都大学には研究志向の強いエリート学生向けに「MD-PhDコース」が整備されています。これは医学部医学科の在学中、あるいは早期に大学院医学研究科へ進学し、医師免許の取得と医学博士（PhD）の学位取得をシームレスに進める育成プログラムです。
特色入試や飛び抜けた成績で入学した歴代の合格者たちは、臨床医として現場に立つだけでなく、世界的な医学研究所や先端医療の研究開発、海外のトップ大学への留学など、世界レベルの基礎医学・臨床医学研究者として目覚ましい活躍を続けています。
