萩生田氏を巡る最大の焦点となったのが、清和政策研究会（安倍派）における政治資金パーティー収入のキックバック問題です。収支報告書への不記載額は5年間で総額2,728万円にのぼり、党内でも上位に位置する金額規模でした。
記者会見での説明によると、派閥からの還流資金について「違法な裏金という認識はなく、派閥からの活動費の預かり金として事務所の金庫で現金保管していた」と釈明。個人口座への入金や私的流用は一切否定し、使途については事務所の修繕費や政策活動費に充てられていたとして修正申告を行いました。
東京地検特捜部による捜査では、会計責任者との共謀が認められず不起訴（嫌疑不十分）となりましたが、政治的・道義的責任に対する世論の批判は収束していません。派閥幹部として還流システムの存廃に関与できた立場にあったのか否かという点について、政治資金規正法の運用実態とガバナンスの欠如が浮き彫りとなりました。
