物語の根底にあるチャクラとは、地球固有のエネルギーではなく、大筒木一族がもたらした外来の産物でした。彼らの行動原理は極めて明快であり、「星に神樹を植え、その星の全生命を吸い上げて『チャクラの実』を実らせ、それを食すことで遺伝子情報をアップデート（進化）し続けること」に集約されます。
神樹を急成長させるためには、生きた大筒木一族を十尾に生贄として食わせる必要があります。大筒木は常に「2人1組（ペア）」で星を訪れる掟があり、階級の低い者が生贄となり、上位者が実の収穫を管理するシステムが確立されていました。地球に来訪した際は、下位の大筒木カグヤが生贄役、上位の大筒木イッシキが管理者役でした。
しかし、カグヤが地球人に情を抱き、イッシキに反旗を翻したことでこのサイクルは決裂。カグヤは自身が生贄になることを拒み、イッシキの下半身を奇襲で破壊して瀕死に追い込んだ後、自らチャクラの実を口にして地球の絶対的統治者として君臨する道を選んだのです。この裏切りこそが、後に続く千年以上におよぶ忍の歴史のすべての発端となりました。
