海を渡るフェリーである以上、台風、発達した低気圧、強風、波浪による欠航リスクはゼロではありません。南海フェリーは紀伊水道を横断するため、外洋（太平洋）からのうねりや冬場の強い季節風の影響を受けやすい航路特性があります。
南海フェリーでは、公式サイト上でリアルタイムの運行状況・欠航情報が随時更新されています。当日風速が15m/sを超えている場合や波高が3メートルを超える予報が出ている場合は、港へ向かう前に必ず公式運行情報をチェックしなければなりません。
万が一、予約していた便や予定していた便が欠航した場合のリカバリー策も把握しておく必要があります。徒歩利用者の場合、和歌山港から南海電鉄で難波へ戻り、大阪駅から高速バス（徳島行き）に乗り換えるか、新大阪から山陽新幹線で岡山・高松経由で徳島へ向かう迂回ルートが存在します。車利用の場合は、阪和自動車道から近畿自動車道・神戸淡路鳴門自動車道へと舵を切り、陸路で鳴門・徳島方面へ向かう代替ルートへ即座に切り替えられる柔軟性が求められます。
