順調に見えた神戸らんぷ亭の経営が大きく揺らいだのは、2000年代初頭に外食産業を襲った2つの構造変化が契機でした。第1の要因は、2003年末に発生したBSE（牛海綿状脳症）問題による米国産牛肉の輸入停止措置です。主原料の調達難に直面した各社が代替メニューの開発を急ぐなか、資本力で勝る大手チェーンとの体力差が浮き彫りになりました。
第2の要因は、大手各社による熾烈な「280円牛丼デフレ戦争」です。徹底したオペレーションの合理化と大量調達で価格を下げる競合に対し、中堅規模の神戸らんぷ亭は薄利多売モデルへの追従が困難を極めました。
さらに決定打となったのが、親会社であるダイエーの経営不振です。ダイエーの産業再生機構入りに伴い、2005年に神戸らんぷ亭の全株式がエネルギー・外食商社の株式会社ミツウロコへ売却されます。その後、2010年代に入ると「平禄寿司」や「とりあえず吾平」などを手掛ける外食大手ジー・テイスト（現：焼肉坂井ホールディングス）の傘下へと移管されました。
ジー・テイスト体制下では、不採算が続く牛丼事業の抜本的見直しが断行されました。急速に需要が拡大していた横浜家系ラーメン「壱角家」や油そば専門店、ラーメン専門店「末広」への店舗業態転換（フランチャイズ転換を含む）が進められ、らんぷ亭の屋号は急速に減少。2015年から2016年にかけて、最後の砦であった東京都内の店舗（末広町店など）がひっそりと暖簾を下ろし、ブランドとしての歴史に終止符が打たれました。
