武南高校の教育課程は、明確な進路目標に応じた3コース制を採用しています。各コースの難易度と偏差値の目安（北辰図書・大手進学塾算出データに基づく最新水準）は以下の通りです。
最上位に位置する選抜コース（偏差値64〜66）は、国公立大学や早慶上理などの最難関私立大学の現役合格をターゲットとしたフラッグシップコースです。授業進度が極めて速く、7時間授業や放課後の進学講座がカリキュラムに組み込まれており、実質的には県立の浦和西高校や川口市立高校（理数科・普通科特進）などを目指す上位層の併願校として定着しています。
中核を担う特進コース（偏差値60〜62）は、GMARCH（学習院・明治・青山学院・立教・中央・法政）や成蹊・成城・武蔵・明治学院といった上位私立大への進学を主軸に据えています。勉強と部活動を高次元で両立させる生徒が多く、県立の伊奈学園総合高校や蕨高校、越谷北高校の併願先としても人気を集めています。
そして、最も定員規模が大きい進学コース（偏差値53〜56）は、日東駒専（日本・東洋・駒澤・専修）をはじめとする4年制大学への現役進学を目指すコースです。指定校推薦や総合型選抜を視野に入れつつ、伝統のサッカー部をはじめとする強豪運動部・文化部に全力で打ち込む生徒が多く集まる活気ある環境が特徴です。
