瀬戸市駅を利用する上で最も特徴的なのが、名鉄瀬戸線 新瀬戸駅との近接性です。両駅は別の鉄道会社が運営する独立した駅舎ですが、改札外のペデストリアンデッキ（連絡通路）によって直結しています。
愛知環状鉄道の改札を出て西側へ進むと、そのまま屋根付きの連絡通路を経由して名鉄新瀬戸駅の改札口へと移動できます。距離にして約80メートル、所要時間は大人の足で徒歩1〜2分程度です。屋根が設置されているため、雨の日でも傘を差さずに移動できるバリアフリー設計となっています。
ICカード（manaca、TOICA、Suicaなど）の全国相互利用に対応しているため、両改札でタッチするだけでスムーズな乗り継ぎが可能です。朝夕のラッシュ時間帯には、愛環線から名鉄瀬戸線へ乗り換えて名古屋方面へ向かうビジネスパーソンや学生が列を作りますが、動線が直線的でフラットなため、大きな混雑トラブルが起きにくい構造に仕上がっています。
